2089 après J.-C. - 80 ans se sont écoulés depuis que la première guerre spatiale a changé la vie des races humaine et zentraedi. Les deux races sont en paix sur Terre lorsqu'une nouvelle race extraterrestre appelée "Marduk" fait son apparition dans le système solaire. En couvrant la première bataille entre l'U.N. Spacy et la flotte Marduk, le reporter débutant de SNN Hibiki Kanzaki découvre Ishtar, un "Emulateur" qui améliore les capacités de combat des Marduk par le chant. Hibiki amène Ishtar sur Terre pour lui enseigner les valeurs de la vie et de la culture. Avec Silvie Gena, pilote de Valkyrie, Hibiki et Ishtar doivent trouver un moyen de sauver la Terre de la destruction totale aux mains du leader marduk Ingues.
