Voici les aventures de Laura, jeune collégienne qui rencontre pleins de soucis, et de son hamster Hamtaro, qui vit lui aussi des problèmes avec sa petite communauté de Hamsters : le club des Ham-Hams. Durant chaque épisode, Hamtaro et Laura seront confrontés aux mêmes difficultés mais à l'échelle de leur monde respectif. Mais comme ils trouveront toujours des solutions pour y remédier grâce à leur amitié, chacun inspirera l'autre dans sa vie courante.
