En apparence, Saya Kisaragi est une jeune lycéenne tout à fait normale. Toujours présente pour aider son prochain et un peu tête en l'air, elle vit avec son père, Tadayoshi, prêtre shintoïste. Saya s'est vu confier par son père la mission d'éliminer les « Anciens ». Armée de son épée sacrée, elle traque ces monstres dévoreurs d'humains dont les apparitions sont de plus en plus fréquentes. De plus, la jeune fille commence à être sujette à de terribles maux de tête lui laissant voir des visions qu'elle ne comprend pas… Pourquoi les Anciens en ont après elle ? et quelle est la signification de ses visions ?
